赤潮一般可分为有毒赤潮与无毒赤潮两类。有毒赤潮是指赤潮生物体内含有某种毒素或能分泌出毒素的生物为主形成的赤潮。有毒赤潮一旦形成，可对赤潮区的生态系统、海洋渔业、海洋环境以及人体健康造成不同程度的毒害。无毒赤潮是指赤潮生物体内不含毒素，又不分泌毒素的生物为主形成的赤潮。无毒赤潮对海洋生态、海洋环境、海洋渔业也会产生不同程度的危害，但基本不产生毒害作用。

　　从赤潮发生的地理特征来说，也可分为外海（外洋）型赤潮和近岸、河口、内湾型赤潮。前者是指在外海或洋区出现的赤潮。后者分别指发生在近岸区、河口区或内湾区等水域的赤潮。我国辽东湾、大连湾、胶州湾、杭州湾、深圳湾及黄河口、长江口、珠江口、厦门港等海域发生的赤潮均属于后者。

　　据国家海洋局东海分局局长张有份介绍，赤潮形成的原因比较复杂，但多数学者认为，赤潮生物的存在和水体的水质污染（富营养化）是形成赤潮的主要原因。海区的地理位置、地形特征、水文、气象、海流、海况等，是形成赤潮的自然因子。在海水流速缓慢或停滞的内湾，较封闭海湾的交汇面、峰面及排污口附近沿岸，海水出现上层温跃层，中间有逆温层或有上升流的海域，或因季风影响，出现无氧缺氧水团，强台风、大暴雨之后，盐度下降，均可成为赤潮形成的条件。